理事会はJFAの各種業務を協議・決定する機関です。原則として、毎月開催し、会長（＝キャプテン）を議長とし、理事、特任理事、監事で構成されています。

評議員会は、JFAの業務の中において特に重要と考えられる「一．事業計画及び収支決算についての事項」「二．事業報告及び収支決算についての事項」「三．基本財産についての事項」「四．長期借入金についての事項」「五．第1号、第3号及び前号に定めるものを除くほか、新たな業務を負担及び権利の放棄についての事項」「六．その他この法人の業務に関する重要事項で理事会において必要と認めるもの」について協議する機関です。

理事会、評議会、及び各種委員会での報告事項は以下よりご確認ください。